U.C.0105，夏亚之乱12年后——。 面对实行高压政策的地球联邦政府，“马夫蒂”以暗杀政府阁僚的方式展开了抵抗。其领袖的真实身份，正是曾与阿姆罗·雷在一年战争中并肩作战的布莱德之子，哈萨维·诺亚。哈萨韦因神秘少女琪琪·安达露西亚展现出的奇异力量而回忆起过去的创伤。在她的言语影响下，他一边动摇，一边准备马夫提的行动——袭击阿德莱德会议。 联邦军的凯奈斯·斯雷格在准备自己策划的阿德莱德会议防御作战及消灭马夫蒂的行动时，受到刑事警察机构的洪德利‧翼赞提出的秘密协议。 在哈萨维与凯奈斯各自为目标行动的同时，琪琪也为了自己的使命前往香港。
